Автоматическое обновление игнорирует некоторые пакеты

Я полагаю, что Вы отсутствуете 20auto-upgrades и должен сначала реализовать его правильно, чтобы видеть, устраняет ли это Вашу проблему перед хождением дальше. Вы видите, что это - важный шаг в документации Автоматических обновлений.

$ cat /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades 
APT::Periodic::Update-Package-Lists "1";
APT::Periodic::Unattended-Upgrade "1";

Если у Вас есть тот файл, и он все еще не работает, можно попытаться выяснить то, что удерживает на месте пакеты. Я предпочитаю Origins-Pattern кому: Allowed-Origins, который отличается от документации, но работал хорошо на меня:

$ vim /etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades
# You need to customize configuration

Вот пример критического компонента 'Шаблона' в 50unattended-upgrades:

Unattended-Upgrade::Origins-Pattern {
        // Codename based matching:
        // This will follow the migration of a release through different
        // archives (e.g. from testing to stable and later oldstable).

        // Archive or Suite based matching:
        // Note that this will silently match a different release after
        // migration to the specified archive (e.g. testing becomes the
        // new stable).
//      "o=Ubuntu,a=stable";
//      "o=Ubuntu,a=stable-updates";
//      "o=Ubuntu,a=proposed-updates";
        "origin=Ubuntu,codename=${distro_codename}";
};

Это - пример, который не ограничивает на основе репозитория:

Unattended-Upgrade::Origins-Pattern {
      "o=*";
}

Вы только захотите также Origin-Patterns или Allowed-Origins и не оба. Это более ясно и зарегистрировано в Необслуживаемую документацию Обновлений Debian.

Попытайтесь включить просто это, которое является только Обновлениями системы защиты. Тест, что это работает и добавляет Ваши другие шаблоны, один за другим, пока Вы не добавляете каждого и проверяете, что каждый обновленный не повреждает Ваше тестирование пробного прогона.

Я также рекомендовал бы указать Ubuntu и записать совершенно другие конфигурационные файлы для систем Debian, если у Вас есть соединение.

Убедитесь, что Вы не держите пакетов, которые могли предотвратить обновления:

$ sudo apt-mark showhold

Убедитесь, что можно обычно устанавливать обновления, или что apt настроен для приоритизации каждого типа выпуска правильно:

$ cat /etc/apt/preferences.d/custom
Package: *
Pin: release a=bionic
# Only explicit installs
#Pin-Priority: 1001
# Explicit and dependencies
Pin-Priority: 900

Package: *
Pin: release a=testing
Pin-Priority: 399

Package: *
Pin: release a=unstable
Pin-Priority: -10

Некоторые обновления потребуют перезагрузки машины, и необходимо будет решить, делаете ли Вы это вручную или позволяете apt перезапускать машину в установленный срок при необходимости обновлениями.