Благодаря вашему собственному ответу я смог выяснить, что вызывало такую же проблему на моей машине.
dfconf reset -f /org/gnome/
сделал трюк. Однако я не хотел потерять все настройки, поэтому я сделал резервную копию, используя:
dfconf dump /org.gnome/ > backup_file
Я начал сужать проблему, и я узнал, что этого достаточно, чтобы сбросить /org/gnome/shell/enabled-extensions.
3] Я использую несколько расширений, и я узнал, что тот, который вызывал весь этот беспорядок, это Workspaces to Dock. Все это было достаточно, чтобы отключить это расширение.