На этот вопрос уже есть ответ:
Как говорится в названии, каждый раз, когда я открываю Nautilus из модуля запуска Unity, он открывается со всеми отображаемыми файлами. Обычно он открывается со скрытыми скрытыми файлами, как я могу вернуть его к такому поведению?
Моя система - Ubuntu 14.04 LTS с Unity, другие WM / DM не установлены.
Вы установили скрытые файлы опции Show и файлы резервных копий в Редактировании-> Prefererences. Просто снимите флажок, и скрытые файлы останутся скрытыми после того, как Вы вновь откроете файловый менеджер.
Альтернатива ответу @Mikolaj Bartnicky, можно использовать сочетание клавиш Ctrl+H
для показывания/скрытия скрытых файлов в Наутилусе. Это - то же с Alt+.
у дельфина и Konqueror.