Каков предпочтительный способ установки пакетов R в Ubuntu?
Я устанавливаю в R в Ubuntu, но меня немного смущает множество вариантов установки пакетов.
Традиционный способ - установить их внутри R, выполнив install.package(). Тем не менее, Ubuntu предлагает возможность установки с apt-get. Это интересно, поскольку ОС будет обновлять пакеты. Поскольку у них есть только несколько доступных пакетов, это рано или поздно создаст проблемы. В конечном итоге мне придется устанавливать пакеты традиционным способом, устанавливая их по-разному, и, возможно, (?) Это также создаст проблемы с версиями.
Каков предпочтительный способ установки и хранения пакетов R в Ubuntu?
3 ответа
Я думаю, что единственные пакеты R, доступные через Ubuntu repos, являются пакетами, сохраняемыми рабочей группой разработки R. Как с большинством пакетов, доступные через apt или синаптический не всегда новейшие версии. К счастью у Вас есть опция добавления CRAN-сохраняемого источника программного обеспечения путем создания нового файла в /etc/apt/sources.list.d/CRAN.list это содержит одну строку текста:
deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/
(замена trusty/ с кодовым названием Вашего распределения; если Вы не знаете, что это вводит lsb_release -c в терминал). После этого (и apt update) Ваш диспетчер пакетов будет всегда устанавливать (или обновлять к), CRAN-сохраняемые версии r-base, r-base-core, и т.д., потому что у них будут числа старшей версии, чем те в debian источниках. Посмотрите здесь если apt жалуется на repo то, чтобы быть неподписанным.
Для всех других пакетов (иначе "внес пакеты"), я предпочитаю устанавливать в R через install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package")) когда это возможно, если я не знаю для того, что версия на CRAN стара и что более новая версия имеет функциональность, в которой я нуждаюсь. В таких случаях можно установить от GitHub с devtools::install_github('AccountName/RepositoryName') или загрузите архив и установите его из окна терминала через R CMD INSTALL name_of_package.tar.gz, или в R через install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source").
Для полноты вот официальное руководство от CRAN.
-
1Если бы Вы отправляете свой ответ как ответ, я принял бы его. Я отправил этот ответ для позже принятия его просто к " закройте thread" если можно так выразиться, т.е. так, чтобы люди, использующие этот сайт на других страницах, видели бы, что на этот вопрос ответили. Я думаю, что это хорошо, пока никакие другие ответы не были отправлены. Если бы необходимо было отправить ответ после этого, я попробовал бы к ' unaccept' этот ответ для принятия Вашего, который я думаю, возможен. Почему Вы отправляли свой ответ как комментарий, а не ответ, между прочим? – DBinJP 2 February 2018 в 14:49
Я обычно устанавливал бы использование apt-get r-cran, когда это возможно, поскольку это заботится о зависимостях и обновлениях более чистым способом. Только если это не доступно, я буду использовать установку из R.
Примечание, что существует два репозитория для R Debian пакеты:
- Чиновник R: обеспечивает несколько пакетов. Для включения его необходимо добавить ссылку к repo , обновляющему source.list файл . Это документируется на страница CRAN-человечности, затем выполняет
apt-get update, затем обновляет -
PPA: Michael rutter обеспечивает ppa, cran2deb4ubuntu, который содержит намного больше пакетов. Для некоторой документации посмотрите конец этот блог . Просто необходимо работать (затем за обновлением/обновлением):
sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
-
1@kaj-dj спасибо. btw, там какой-либо способ сделать дисплей увеличенным к нижней левой части? – Jahirul Sourav 2 February 2018 в 22:22
Обратите внимание на то, что для R 3.5.0 имя repo изменилось, и Представления Задачи освобождает предварительно скомпилированный Michael Rutter, теперь доступны от cran2deb4ubuntu_3.5