Какие инструменты биоинформатики и вычислительной биологии доступны?
Сегодня меня попросили найти Научную версию (версии) Ubuntu. Они на самом деле ищут инструменты для анализа последовательности ДНК, проверки белка, оценки и выполнения многих биологических задач.
Первое:
-
Существует ли научная, биоориентированная версия Ubuntu
-
Существуют ли инструменты для проведения научного анализа, такие как точки упомянутое выше.
4 ответа
Я сделал некоторый поиск с помощью Google на различном Debian, RHEL и основанных на машине инструментах Operating Systems и Research Virtal для вычислительной биологии и биоинформатики. Некоторые примечательные получены в итоге ниже:
Медиана Debian: операционная система Debian, которая особенно хорошо подходит для требований для медицинской практики и биомедицинского исследования.
DNALinux: Виртуальная машина с биоинформатическим предварительно установленным программным обеспечением.
Bioknoppix: специализированное распределение Linux Knoppix Живой CD. Это идет с приложениями, предназначенными для молекулярного биолога. Около использования некоторой RAM Bioknoppix не касается главного компьютера (потому что это - живой CD), и идеально для демонстраций, студентов молекулярной биологии, семинаров, и т.д.
Vigyaan: ("Vigyaan" означает "Науку" на хинди. Но это не я слишком Научный Linux). Vigyaan является электронными инструментальными средствами для биоинформатики, вычислительной биологии и вычислительной химии. Это было разработано для удовлетворения потребностей и новичков и экспертов. VigyaanCD является живой Linux CD, содержащий все необходимое программное обеспечение для начальной загрузки компьютера с готовым для использования программного обеспечения моделирования. VigyaanCD v1.0 основан на KNOPPIX v3.7.
VLinux: дистрибутив Linux и устройство для студентов и исследователей в Биоинформатике. Это основано на OpenSUSE и создается с помощью Studio SuSe Novell.
BioSLAX: новый живой комплект CD/DVD инструментов биоинформатики, который был выпущен командой ресурса Центра BioInformatics (BIC), Национальный университет Сингапура (NUS). Загрузочный от любого ПК, этот CD/DVD выполняет сжатый аромат SLACKWARE операционной системы Linux, также известной как SLAX.
Био-Linux 6.0: полнофункциональное, мощное, настраиваемое и легкое для поддержания рабочей станции биоинформатики. Био-Linux предоставляет больше чем 500 программ биоинформатики на основе Ubuntu Linux 10.04. Существует графическое меню для программ биоинформатики, а также легкий доступ к системе документации биоинформатики Био-Linux и демонстрационным данным, полезным для тестирования программ. Можно также установить пакеты Био-Linux для обработки типов данных последовательности нового поколения.
Мое мнение как bioinformatician состоит в том, чтобы загрузить и выполнить любой аромат Linux, который подходит Вам. Почти все свободны загрузить и использовать. В моей исследовательской работе я использую Ubuntu и CentOS. Я обменяюсь своим опытом.
CentOS: при установке всех библиотек во время установки Вы не встретитесь очень с проблемами позже. Я использовал Молекулярный ЯНТАРЬ пакета Динамики и Desmond на нем. Это обычно работает, не создавая очень проблемы.
Ubuntu: Так как это не идет со многими предварительно установленными библиотеками, необходимо знать, где найти информацию о выполнении программного обеспечения на нем. Однако, так как Ubuntu очень популярна среди исследователей, я не нахожу причины, почему Вы не должны пробовать ее. При обнаружении с какой-либо установкой трудности или выполнением программного обеспечения можно отправить вопросы в определенных списках рассылки, связанных с тем конкретным программным обеспечением. В программах центра программного обеспечения Ubuntu как Pymol, AutoDock, Unipro UGENE и т.д. доступен. Gromacs был доступен ранее (я не нашел его в 12,04).
Я настоятельно рекомендовал бы, чтобы Вы приложили усилия времени и установили все Ваше полезное программное обеспечение на Ubuntu и затем использовали Remastersys для создания копий ОС для поставления его как многих Рабочих столов и Рабочих станций, которых Вы желаете.
Лично, я вижу огромный объем в наличии специализированного Linux ОС, предназначенная для аудитории исследования биологии и химии.
Надежда это помогает.
Био-Linux является рабочей станцией биоинформатики на основе Ubuntu.
Кроме того существует большое количество ориентированных на биологию программ/инструментов для Ubuntu, перечисленной и разработанной здесь .
Нет, насколько я знаю, специализированное распределение с этой целью.
(Там существует распределение, названное Научный Linux, который основан на RedHat/Centos, но это в основном разрабатывается и предназначается для потребностей Физики высоких энергий (и не имеет никаких общих возможностей, недостающих запаса Ubuntu).)
существует категория биологии (под наукой/разработкой) с набором пакетов, хотя количество специализированных научных приложений, упакованных с человечностью, является относительно небольшим (и я ожидаю, что это было бы также иметь место для других дистрибутивов, Вы могли бы посмотреть на). Science+Engineering/Biology перечисляет некоторых, но, кажется, не актуален.
Тем не менее много научных инструментов, в то время как не в официальном respositories, обеспечивают совместимые с человечностью (.deb) пакеты, которые Вы можете загрузить (например, libSBML), или универсальные двоичные файлы Linux (например, Copasi), или независимы от платформы (записанный в Java, Python и т.д.) и следовательно должны работать вполне счастливо в Ubuntu (например, ImageJ).
я использую Ubuntu для вычислительной работы биологии, хотя это преимущественно включает работу с инструментами общего назначения (например, R, Python), а не специализированные приложения.
Я вижу, что существует несколько Научных доступных ремиксов Ubuntu, но они все, кажется, умерли. Это, кажется, путь с большим количеством ремиксов Ubuntu, потому что много раз они просто не предлагают много, кроме того, для того, чтобы просто автоматически установить некоторые приложения, таким образом, им не была нужна критическая масса, чтобы разработчики продолжили их.
Мое предложение состояло бы в том, чтобы использовать твердый научный дистрибутив, как Научный Linux, который является тем, что используется (и разрабатывается) Fermilab, CERN, и т.д. Это - дистрибутив, который не идет никуда в ближайшее время и имеет большую поддержку со стороны научного сообщества. К сожалению, это основано на Red Hat, таким образом, это не может соответствовать Вашим потребностям отлично.
, Если необходимо использовать Ubuntu, существует несколько научных приложений, доступных в repos, просто разжигают Центр программного обеспечения Ubuntu и обзор "Наука & Разработка"-> Биология. Я не уверен в полноценности этих программ, как это вне моих экспертных знаний. Если бы они были достаточны, то Вы могли бы настроить быстрый сценарий удара, который установил их всех, когда Вы настраиваете новую машину.