Я успешно использую следующее для обновления опций динамично:

$control.select2('destroy').empty().select2({data: [{id: 1, text: 'new text'}]});

В моем проекте я использую следующий код:

$('#attribute').select2();
$('#attribute').bind('change', function(){
    var $options = $();
    for (var i in data) {
        $options = $options.add(
            $('<option>').attr('value', data[i].id).html(data[i].text)
        );
    }
    $('#value').html($options).trigger('change');
});

Попытка прокомментировать select2 часть. Остальная часть кода будет все еще работать.

Попытайтесь использовать триггерное свойство для этого:

$('select').select2().trigger('change');

Для v4 это - известная проблема, которая не будет решена в 4,0, но существует обходное решение. Проверьте https://github.com/select2/select2/issues/2830

Я фиксирую отсутствие библиотеки примера здесь:

<link href="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/select2/3.5.2/select2.css" rel="stylesheet"/>
<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/select2/3.5.2/select2.js">

http://jsfiddle.net/bbAU9/328/