Не имеет значения, если дистрибутив говорит «amd64», он может использоваться на любом процессоре x86-64, он указывает только на поддерживаемую им архитектуру x86-64-bit.
You может безопасно использовать любой из них.
Попробуйте запустить сценарий, содержащий этот фрагмент в вашем браузере <?php phpinfo(); ?>, а затем попытайтесь найти что-то вроде загруженного файла конфигурации. Эта запись указывает php.ini, используемый вашим PHP на сервере Apache.
для php7 ubuntu 16.4
/etc/php/7.0/apache2/php.ini
Чтобы найти, какой php.ini используется CLI, вы можете запустить:
php -i | grep 'php.ini'
Пример вывода:
$ php -i | grep 'php.ini'
Configuration File (php.ini) Path => /etc/php/7.0/cli
Loaded Configuration File => /etc/php/7.0/cli/php.ini