Я в настоящее время выполняю код для программы под названием HotNet.
В его simpleRun.py файле существует место для вставки пути к файлу, который будет выполнен.
parser.add_argument('-mf', '--infmat_file', required=True,
help='Path to .mat file containing influence matrix')
Мой файл пути /home/lai/Downloads/influence_matrix_files/hprd_inf_.mat
; и я попытался включить его как таковой:
parser.add_argument('-mf', '--infmat_file', required=True,
help= /home/lai/Downloads/influence_matrix_file/hprd_inf_.mat)
Но я добираюсь SyntaxError
при выполнении кода:
File "simpleRun.py", line 29
help= ~/home/lai/Downloads/influence_matrix_files/hprd_inf_.mat)
^
SyntaxError: invalid syntax
Я также попытался поместить путь в кавычки (как строки ' '
) но это не обрабатывается.
Я попытался удалить /
однако это просто возвращает следующую ошибку:
NameError: global name 'home' is not defined
Как я фиксирую это?
Вместо того, чтобы редактировать py файл, Вы просто звонили бы simpleRun.py с аргументом:
python simpleRun.py -mf /home/lai/Downloads/influence_matrix_file/hprd_inf_.mat
или
python simpleRun.py --infmat_file=/home/lai/Downloads/influence_matrix_file/hprd_inf_.mat
ответ @cyberbills абсолютно корректен, но я хотел добавить немного больше объяснения.
Вы, как предполагается, не редактируете simpleRun.py для добавления пути - это уже определяется, и аргумент "справки" там, чтобы дать Вам справку при фактическом выполнении simpleRun.py сценария из командной строки.
Другими словами, help
аргумент не делает , содержат путь, но дает справка использования для использования эти -mf
флаг.
при использовании simpleRun.py с "MF" Вы выполните его как simpleRun.py -mf <file.mat>
.
(Примечание: сделайте chmod +x
на simpleRun.py, если Вы хотите выполнить его путем ввода ./simpleRun.py
. Иначе используйте python ./simpleRun.py
, как киберсчет указывает).
Все аргументы синтаксического анализатора в simpleRun.py прокладывают себе путь. Текстовое поле в help
аргумент является обратной связью командной строки.
Вы видите его путем предоставления эти --help
флаг к команде:
$python simpleRun.py --help
usage: simpleRun.py [-h] [-r RUNNAME] -mf INFMAT_FILE -if INFMAT_INDEX_FILE
-hf HEAT_FILE [-ms MIN_HEAT_SCORE] [-ccs MIN_CC_SIZE] -pnp
PERMUTED_NETWORKS_PATH [-n NUM_PERMUTATIONS]
[-o OUTPUT_DIRECTORY] [--parallel] [--no-parallel]
[-ef EDGE_FILE] [-nn NETWORK_NAME]
Helper script for simple runs of generalized HotNet2, including automated
parameter selection.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-r RUNNAME, --runname RUNNAME
Name of run / disease.
-mf INFMAT_FILE, --infmat_file INFMAT_FILE
Path to .mat file containing influence matrix
~/
совпадает с /home/lai
, таким образом, Вы хотите использовать ~/Downloads
или /home/lai/Downloads
.