Есть хорошая статья по теме, написанная самим разработчиком Ubuntu, смотрите: http://www.linux-mag.com/id/7568/1/
Менее технически ответьте по запросу OP.
Преимущества безопасности зашифрованного дома через ecryptfs, как в Ubuntu:
Не потребуется никаких дополнительных паролей или ключей для запоминания или ввода. Не делает ваш компьютер более безопасным в сети, например. в интернете. Если компьютер используется совместно несколькими пользователями, он обеспечивает дополнительный барьер для других пользователей, обращающихся к вашим файлам. (Трудное техническое обсуждение.) Если злоумышленник получает физический доступ к вашему компьютеру, например, крадет ваш ноутбук, это защитит ваши данные от чтения вором. (Если компьютер выключен, они не могут читать ваши данные без вашего пароля. Если компьютер включен и вы вошли в систему, вор может украсть ваши данные, но требует более продвинутой атаки, поэтому он менее вероятен.)Что еще вы должны знать о шифровании домашней папки, так это то, что данные в нем недоступны, когда вы не вошли в систему. Если у вас есть какой-либо автоматический или внешний процесс (например, crontab), который пытается получить доступ к этим данным, будет отлично работать, пока вы его смотрите, но не сработаете, когда не смотрите. Это очень неприятно для отладки.
Безопасность вашей реальной системы не определяется безопасностью ваших файлов, папок и документов ... все, что она делает, делает их немного более защищенными от посторонних глаз ....