Если у меня будут отдельный домашний раздел и переустановленная человечность, то будет безопасно удалить все файлы конфигурации?
Я был бы:
Можно удалить файлы и папки в ~/.config
папка.
Эта папка обычно хранит пользователя определенные настройки. Удаление этой папки не нанесет серьезного ущерба кроме него, сбросит все Ваше предпочтение.