для чего делает/var/lib/update-rc.d/xxx?

update-rc.d команда является сценарием жемчуга:

$ file `which update-rc.d`
/usr/sbin/update-rc.d: a /usr/bin/perl script, ASCII text executable

я не хорош в жемчуге, но от того, что я понимаю и его имя переменной:

my $archive = "/var/lib/update-rc.d";

sub save_last_action {
    my ($script, @arguments) = @_;

    return if $notreally;

    open(FILE, ">", "$archive/${script}.new") || die "unable to write to $archive/${script}.new";
    print FILE join(" ","update-rc.d",@arguments), "\n";
    close(FILE);
    rename "$archive/${script}.new", "$archive/${script}";
}

sub remove_last_action {
    my ($script) = @_;
    unlink "$archive/$script";
}

это просто записывает последнее действие (команда) обновления-rc.d. и удалите без влияния

Почти наверняка, не рискуя повреждением чего-то. От man file-hierarchy

   /var/lib
       Persistent system data. System components may place private data 
       in this directory.

, Что означает, они, вероятно, ожидают находить его. Не удаляйте их, если Вы не знаете, как создать резервную копию Вашей системы. Мы добираемся достаточно "Привет, я просто сделал $SOMETHING_REALLY_STUPID, как я восстанавливаю свою машину к ее предыдущему состоянию?" вопросы здесь.

Вы могли бы работать du -hs /var/lib/update-rc.d. Вы, вероятно, найдете, что занимавшее место тривиально.