Я рекомендую добавить -D_GNU_SOURCE, пока используется #include <features.h>. Это позволит обеспечить поддержку большого файла. Подробнее читайте в начале /usr/include/features.h:
...
_LARGEFILE_SOURCE Some more functions for correct standard I/O.
_LARGEFILE64_SOURCE Additional functionality from LFS for large files.
_FILE_OFFSET_BITS=N Select default filesystem interface.
....
_GNU_SOURCE All of the above, plus GNU extensions.
Nbconvert является частью IPython только с 1.0. Если он еще не находится в репозитории Ubuntu, вы можете попытаться добавить PPI Джулиан Тейлор IPython, который должен иметь более раннюю версию, поддерживаемую на Ubuntu. Вы найдете информацию о том, как добавить этот PPA в свою систему на странице PPA. Будьте осторожны, PPA также содержит обновленную версию IPython, выпущенную каждую ночь, это обычно можно использовать, но может и не быть тем, что вам нравится. Я не являюсь пользователем PPA / Ubuntu, поэтому я больше не могу подробно останавливаться на деталях.