как удалить конкретное число или букву перед символы (|) использующий grep команда
У меня есть количество N последовательности в файле как это
>668|CAX10446 conserved hypothetical protein
MSIRGVGGNGNSRIPSHNGDGSNRRSQNTKNKVEDRVRSLYSSRSNENRESPYAVVDVSSMIESTPTSGE
TTRASRGVFSRFQRGLGRVADKVRRAVQRAWSSVSIRRSSATRATESRSSSRTARGASSGYKEYSPSAAR
>669|CAX10447 conserved protein
MSIRGVGGNGNSRIPSHNGDGSNRRSQNTKNKVEDRVRSLYSSRSNENRESPYAVVDVSSMIESTPTSGE
TTRASRGVFSRFQRGLGRVADKVRRAVQRAWSSVSIRRSSATRATESRSSSRTARGASSGYKEYSPSAAR
или как это
>gi|76167242|gb|AAX50250.1| hypothetical protein CTA_0001
MSIRGVGGNGNSRIPSHNGDGSNRRSQNTKNKVEDRVRSLYSSRSNENRESPYAVVDVSSMIESTPTSGE
TTRASRGVFSRFQRGLGRVADKVRRAVQRAWSSVSIRR
Теперь, мне нужен a grep команда для удаления конкретного слова или числа в первой строке.
Вывод должен быть:
>CAX10446 conserved hypothetical protein
MSIRGVGGNGNSRIPSHNGDGSNRRSQNTKNKVEDRVRSLYSSRSNENRESPYAVVDVSSMIESTPTSGE
TTRASRGVFSRFQRGLGRVADKVRRAVQRAWSSVSIRRSSATRATESRSSSRTARGASSGYKEYSPSAAR
или
>AAX50250.1| hypothetical protein CTA_0001 [Chlamydia trachomatis A/HAR-13]
MSIRGVGGNGNSRIPSHNGDGSNRRSQNTKNKVEDRVRSLYSSRSNENRESPYAVVDVSSMIESTPTSGE
TTRASRGVFSRFQRGLGRVADKVRRAVQRAWSSVSIRRSSATRAAESRS
SSRTARGASSGYREYSPSAAR
Мне нужна команда grep, чтобы сделать это действие, я использовал sed но это удалило первую строку, идентификатор, таким образом, трудно определить, который последовательность который.
2 ответа
Похоже, что Вы хотите удалить все перед последним | символ. Однако Ваш второй пример имеет | после идентификатора и перед hypothetical protein. По-видимому, в этом случае, Вы хотите удалить все перед последним |, который не сопровождается пространством.
Вот один путь:
$ sed 's/| / /; s/^[^ ]*|/>/' file.pep
>CAX10446 conserved hypothetical protein
MSIRGVGGNGNSRIPSHNGDGSNRRSQNTKNKVEDRVRSLYSSRSNENRESPYAVVDVSSMIESTPTSGE
TTRASRGVFSRFQRGLGRVADKVRRAVQRAWSSVSIRRSSATRATESRSSSRTARGASSGYKEYSPSAAR
>AAX50250.1 hypothetical protein CTA_0001
MSIRGVGGNGNSRIPSHNGDGSNRRSQNTKNKVEDRVRSLYSSRSNENRESPYAVVDVSSMIESTPTSGE
TTRASRGVFSRFQRGLGRVADKVRRAVQRAWSSVSIRR
Эти s/| / /; удаляет любой | сопровождаемый пространством. Это удалит | от AAX50250.1|. Эти s/^[^ ]*|/>/ ищет > в начале строки (^>) и удаляет самую длинную строку символов ([^ ]) непространства до последнего | на строке.
Если Вы хотите сделать это с grep. Необходимо считать 3 строки после каждой пустой строки и скопировать ее в переменную. Необходимо сократить последнюю часть переменной.
синтаксический анализатор сделает;
Первый reverse строка
Второй cut строка с | и становится первой
Треть reverse строка
echo $yourstring |rev |cut -d'|' -f1|rev
BTW, который это не удалит, только шоу Вы часть. Если Вы хотите сохранить вывод, перенаправляют его в файл.
echo $yourstring |rev |cut -d'|' -f1|rev > yournewfile