Как я могу использовать регулировку высоты тона и регулировку скорости для аудиокомпакт-дисков?

Я думаю, что опция Audacity, упомянутая @laugeo, является хорошей, но не CLI, как Вы предпочли бы. mplayer опция является командной строкой один, но не является постоянной.

Так как это действительно только влияет на один набор файлов, и Вы не хотите должными быть думать об изменении этих факторов каждый раз, когда Вы играете их в исключении в другие файлы, которым не нужно это приложение, я думаю, что было бы лучше просто повторно закодировать файлы в версию, которую можно обычно играть, не имея необходимость делать что-то специальное.

Можно использовать инструмент командной строки sox сделать это для Вас. Согласно его странице справочника, speed эффект добьется цели:

   speed factor[c]
          Adjust  the  audio  speed (pitch and tempo together).  factor is
          either the ratio of the new speed to the old speed: greater than
          1  speeds  up,  less than 1 slows down, or, if appended with the
          letter `c', the number of cents (i.e. 100ths of a  semitone)  by
          which  the  pitch (and tempo) should be adjusted: greater than 0
          increases, less than 0 decreases.

Таким образом для каждого файла Вы сделали бы:

sox /path/to/input.flac /path/to/output.flac speed 0.97 

Если Вы хотите сойти с ума с ним, можно попытаться смешать с rate эффект, как упомянуто в конце примечаний по speed:

          Technically, the speed  effect  only  changes  the  sample  rate
          information, leaving the samples themselves untouched.  The rate
          effect is invoked automatically to resample to the output sample
          rate,  using  its  default quality/speed.  For higher quality or
          higher speed  resampling,  in  addition  to  the  speed  effect,
          specify the rate effect with the desired quality option.

Вот информация о rate полученный в итоге для Вас.

   rate [-q|-l|-m|-h|-v] [override-options] RATE[k]
          Change  the audio sampling rate (i.e. resample the audio) to any
          given RATE (even non-integer if this is supported by the  output
          file format) using a quality level defined as follows:

                       Quality   Band-   Rej dB   Typical Use
                                 width
                 -q     quick     n/a    ≈30 @    playback on
                                          Fs/4    ancient hardware
                 -l      low      80%     100     playback on old
                                                  hardware
                 -m    medium     95%     100     audio playback
                 -h     high      95%     125     16-bit mastering
                                                  (use with dither)
                 -v   very high   95%     175     24-bit mastering

          The simple quality selection described above  provides  settings
          that satisfy the needs of the vast majority of resampling tasks.
          Occasionally, however, it may  be  desirable  to  fine-tune  the
          resampler's   filter   response;  this  can  be  achieved  using
          override options, as detailed in the following table:

          -M/-I/-L     Phase response = minimum/intermediate/linear
          -s           Steep filter (band-width = 99%)
          -a           Allow aliasing/imaging above the pass-band
          -b 74-99.7   Any band-width %
          -p 0-100     Any phase response (0 = minimum, 25 = intermediate,
                       50 = linear, 100 = maximum)

Таким образом, если бы Вы хотели самое высокое стандартное качество и частоту дискретизации на 48 кГц, то Ваша команда выросла бы до:

sox /path/to/input.flac /path/to/output.flac speed 0.97 rate -v 48k