Для системы (Ubuntu) ext4 - это выбор по умолчанию в Ubuntu, и я считаю, что это лучший вариант для всех.
Если вам нужен доступ к разделу из Ubuntu и Windows, лучшим решением, вероятно, является NTFS или FAT32 (собственные файловые системы Windows с поддержкой r / w в Ubuntu).