Записывая условие для gtk ~ .css или какое-то действие для Nautilus. Или, может быть, просто использовать пользовательский набор значков?
Нужно сказать, что такая команда терминала, как ls, использует раскраски папок и файлов, и, возможно, эта функция расширяет базу.
Посмотрите этот ответ: можем ли мы иметь Mac как «метки» на GNOME?