Увеличьте загрузку процессора одного приложения/программы

Я использую ClustalX для выравнивания немногих необычно больших последовательностей на моем домашнем рабочем столе, это занимает больше чем неделю для завершения и выполнения значительно ниже максимальной мощности машины.

top | grep clustalx дает следующий вывод

5 985 @username 0 - 20 1971048 105428 9 012 R 99.9 2.7 5829:27 clustalx

Это показывает, что использование ЦП ~100 и использование памяти ~3% RAM. Но системный монитор говорит иначе,

Существует 2 ядра процессора, работающие в максимуме в изображении, поэтому я использую Firefox и системный монитор, иначе его всего один. Я также установил приоритет clustalx к Very high и все же, нет никакого значительного улучшения, которое я видел.

Что больше должно я делать это, это использует больше ЦП и RAM. Любые предложения были бы полезны.

Среднее число загрузки ~2.7 (когда я использую другие программы также),

Я видел следующее сообщение, связанное с этим, но они не отвечают на мой вопрос:

Как увеличить [закрытое] использование CPU

Системные спецификации:
Ubuntu 64 бита 14.04 LTS на разделе жесткого диска на 154 ГБ, 4 ГБ RAM, Intel Core i3 4130 ЦП процессор 3.40 ГГц × 4 и подкачка на 10 ГБ.

Программа Spcification: ClustalX для Linux - Используемый в биологическом выравнивании последовательностей.

Чтобы определить, составляет ли моя программа 32/64 бита, я использовал

find /usr/bin/clustalx

/usr/bin/clustalx: ELF 64-разрядный исполняемый файл LSB, x86-64, версия 1 (SYSV)...