В apt-get update в вашем вопросе указано, что gnome-shell-extensions/ppa не имеет пакетов для Ubuntu 18.04 LTS Bionic Beaver.
Вы должны просто отключить этот репозиторий с помощью
sudo add-apt-repository -r ppa:gnome-shell-extensions/ppa
И затем продолжайте использовать apt, как обычно.
По умолчанию Xubuntu включает диспетчер пакетов Synaptic. Перейдите в меню, System, Synaptic Package Manager и выполните поиск по EMACS. Это поможет вам найти правильные приложения.