Попытайтесь открыть R через терминал под sudo. Это потребует Вас вводящий в Вашем пароле и позволит Вам давать полномочия переписать файлы в Вашей системе. Изображение

Править: См. изображение для ясности

Я не знаю почему R 3.4.1 изменения путь к библиотеке. Для возврата его просто отредактируйте /etc/R/Renviron:

$ sudo gedit /etc/R/Renviron

Комментарий R_LIBS_SITE=... затем некомментарий R_LIBS_USER=...

# edd Jun 2017  Comment-out R_LIBS_USER
R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
#R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}  

Этот ответ об установке дополнительных пакетов R в R и RStudio. Если Вы ищете, как установить R, и RStudio видят Установку RStudio - действительно ли это очень отличается от других пакетов?

Два Способа Установить пакеты R

Я не рекомендую RStudio или R с sudo полномочия. Выполнение единственной команды R с sudo как sudo R INSTALL fGarch должен быть прекрасным. Эти два метода, описанные ниже, являются другими альтернативами.

1. R пакет как программное обеспечение Ubuntu

Поскольку Вы используете R, необходимо будет установить другие пакеты R. Иногда они доступны в репозиториях. Скажите r пакет, Вы хотите его fGarch затем пакет в репозиториях называют r-cran-fGarch. Откройте терминал путем нажатия Cntrl+Alt+T и войдите:

sudo apt install r-cran-fGarch

Установка R пакеты таким образом обладает двумя преимуществами:

1. Это сохранит fGarch актуальный. Каждый раз, когда fGarch обновляется в репозитории R-Cran, это будет обновлено в Вашем компьютере наряду с системным процессом обновления.
2. Все пользователи этого компьютера смогут использовать fGarch пакет в R и RStudio.

Однако не каждый пакет R имеет соответствующую предварительно скомпилированную установку deb пакет в репозитории Cran. fGarch просто происходит с одному из них. Так, вышеупомянутый метод не работает на этот пакет.

2. R Пакет из RStudio

R пакеты такой как fGarch может быть легко установлен и обновлен из RStudio. Если Вы сделаете это, то Вы будете видеть сообщение об ошибке и находить, что RStudio помещает новые файлы (включая обновления) внутри в Вашем корневом каталоге /home/<user>/R/site-library/. Это прекрасно, если Вы - единственный пользователь этого компьютера, кто использует R и RStudio. "Предупреждение" Вас видит, не будет мешать Вам использовать пакет fGarch. Однако у других пользователей этого компьютера не будет доступа к нему.

Один способ решить эту проблему и позволить RStudio установить все будущие дополнительные пакеты в их надлежащем месте состоит в том, чтобы добавить себя к группе staff. Откройте терминал путем нажатия Cntrl+Alt+T и войдите:

sudo adduser <user> staff

Замена <user> с Вашим именем пользователя.

После этого Вы получите опцию установки или обновления пакетов /usr/local/lib/R/site-library/ или в /home/<user>/R/site-library/. Затем Вы сможете выбрать первого в качестве местоположения установки по умолчанию.

Источник: https://stackoverflow.com/questions/5560139/install-r-package-xml-in-debian-ubuntu

Надеюсь, это поможет

Если Вы хотите установить дополнительный пакет R для всех пользователей к /usr/local/lib необходимо будет дать полномочия суперпользователя R создать файлы там. Устанавливать дополнительные пакеты R как выполненного суперпользователя:

sudo R CMD INSTALL <PACKAGES…>

где Вы заменяете <PACKAGES…> названиями любых дополнительных пакетов числа для установки.

Если Вы хотите установить пакет для себя, только Вы не должны давать полномочия суперпользователя R, но необходимо указать цель установки. Один удобный способ сделать это с переменной среды:

export R_LIBS_USER=<PATH>

где Вы заменяете <PATH> путем к каталогу для Ваших определенных для пользователя пакетов R. Я рекомендую ~/.local/lib/R/site-library. Теперь можно установить пакеты:

R CMD INSTALL <PACKAGES…>

Необходимо будет гарантировать, что эта переменная среды установлена прежде, чем запустить R, или это не найдет пакеты установленными на том местоположении. Наилучший вариант состоял бы в том, чтобы добавить вышеупомянутое export управляйте в файл ~/.profile. Посмотрите Переменные среды для больше.