проблема с runnig GROMACS в Ubuntu

Я также попробовал путем установки gromacs вручную из http://www.gromacs.org/Downloads, и затем я использовал команду: tar xfz gromacs-version.tar.gz но снова это не работает

Предполагаемый это

• gromacs-version.tar.gz допустимое имя файла (более старые версии имели имена как gromacs-5.1.4.tar.gz, в то время как версии серии GROMACS 2016 следуют схеме gromacs-2016.4.tar.gz)
• gzipped файл tar не поврежден
• Вы находитесь в правильном каталоге
• каталог, где архив находится, перезаписываем

tar xfz gromacs-version.tar.gz должен распаковать файл к структуре каталогов с README, набором сценариев и исходного кода.

Отметьте ту распаковку tar.gz просто первый шаг в создании GROMACS. На данном этапе Вы далеки от наличия применимой системы GROMACS!

Может быть выгодно адаптировать установку GROMACS в соответствии с Вашей собственной системой, особенно когда журналы выполнений с помощью сборки GROMACS установили через apt содержите подсказки как

Двоичный файл не соответствие аппаратным средствам - Вы могли бы терять производительность.
Инструкции SIMD, скорее всего, для установки этим аппаратным средствам: AVX2_256
Инструкции SIMD выбрали во время компиляции GROMACS: SSE2

Однако я с steeldriver и karel на этом: не Делайте!

Установите GROMACS от диспетчера пакетов и учитесь использовать его перед запуском любой оптимизации!

Как steeldriver и karel уже упомянули, source gmx не получит Вас нигде, ни один не будет gmx один ;-)

Начиная с версии 5.0, всех инструментов в GROMACS, которые были отдельными двоичными файлами в более ранних версиях, например. pdb2gmx, теперь только доступны как gmx подкоманды!

Мое предложение:

1. Используйте версию GROMACS от repo.
2. Работа через некоторые недавние учебные руководства на основе GROMACS 5.0 (или позже), чтобы познакомиться с рабочими процессами. Действительно точка бога для запуска учебные руководства Justin A. Lemkul.

У меня была эта проблема также. В первом я установил gromacs из инструкции, что я нашел в одном из клипов YouTube. По-видимому, у меня была успешная установка, но когда я хотел работать, программа l имела ошибку как Вы, имел:

bash:source: /usr/bin/gmx cannot execute binary 

После большого поиска l понял, что источник gromacs должен быть:

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC 

НЕТ

source/usr/bin/gmx 

Наконец l мог решить мою проблему при помощи инструкции установки от gromacs сайта, но прежде чем я удалил свою Ubuntu и установил новую.

Это - инструкция, что я использовал из этой ссылки.

Быстрая и грязная установка

• Получите последнюю версию своего C и компиляторов C++.
• Проверьте, что у Вас есть версия 2.8.8 CMake или позже.
• Получите и распакуйте последнюю версию GROMACS tarball.
• Сделайте отдельный каталог сборки и изменение в нем.
• Выполненный cmake с путем к источнику как аргумент
• Выполненный делают, осуществляют проверку и делают установку

Или, как последовательность команд для выполнения:

tar xfz gromacs-5.0.7.tar.gz
cd gromacs-5.0.7
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

Это загрузит и создаст сначала необходимую как условие библиотеку FFT, сопровождаемую GROMACS. Если у Вас уже есть установленный FFTW, можно удалить тот аргумент cmake. В целом, эта сборка GROMACS будет корректна и довольно быстра на машине, на которую работал cmake. Если Вы хотите получить максимальное значение для своих аппаратных средств с GROMACS, необходимо будет читать далее. К сожалению, взаимодействия аппаратных средств, библиотек и компиляторов только собираются продолжить становиться более сложными.