Вы можете просто остановить Network Manger, и все будет отлично работать, включая Ubuntu Software Center! остановите его, запустив эту оценку в терминале:
sudo stop network-manager
вы можете вернуть ее, перезагрузив компьютер или просто запустив это:
sudo start network-manager
Если вы используете Gnome 3, вы можете установить расширение под названием Shutdown Timer, вы можете найти его по этой ссылке: Таймер выключения