Как удалить строки, где определенный шаблон появляется на определенном положении
У меня есть файл, который похож на это:
PEBP1_HUMAN Homo sapiens P30086 PDB; 1BD9; X-ray; 2.05 A; A/B=1-187.
PDB; 1BEH; X-ray; 1.75 A; A/B=1-187.
PDB; 2L7W; NMR; -; A=1-187.
PDB; 2QYQ; X-ray; 1.95 A; A=1-187.
PECA1_HUMAN Homo sapiens P16284 PDB; 2KY5; NMR; -; A=686-738.
PDB; 5C14; X-ray; 2.80 A; A/B=28-229.
PDB; 5GEM; X-ray; 3.01 A; A/B=28-232.
PELO_HUMAN Homo sapiens Q9BRX2 PDB; 1X52; NMR; -; A=261-371.
PDB; 5EO3; X-ray; 2.60 A; A/B=265-385.
PDB; 5LZW; EM; 3.53 A; ii=1-385.
PDB; 5LZX; EM; 3.67 A; ii=1-385.
PDB; 5LZY; EM; 3.99 A; ii=1-385.
PDB; 5LZZ; EM; 3.47 A; ii=1-385.
Из этого файла я хочу соответствовать всем EM; элементы, которые найдены сразу после PDB; (four letter code); EM;. Таким образом под этим столбцом также X-ray;, NMR; или EM; может быть найден. Для тех строк, которые имеют EM; удалите их. Есть ли некоторый удар, управляют, чтобы я мог использовать, чтобы соответствовать этим элементам и удалить эти строки?
Значительно, когда соответствие ему поместило пространство прежде EM, так соответствуйте ему пространству, как EM;.
Ожидаемый результат:
PEBP1_HUMAN Homo sapiens P30086 PDB; 1BD9; X-ray; 2.05 A; A/B=1-187.
PDB; 1BEH; X-ray; 1.75 A; A/B=1-187.
PDB; 2L7W; NMR; -; A=1-187.
PDB; 2QYQ; X-ray; 1.95 A; A=1-187.
PECA1_HUMAN Homo sapiens P16284 PDB; 2KY5; NMR; -; A=686-738.
PDB; 5C14; X-ray; 2.80 A; A/B=28-229.
PDB; 5GEM; X-ray; 3.01 A; A/B=28-232.
PELO_HUMAN Homo sapiens Q9BRX2 PDB; 1X52; NMR; -; A=261-371.
PDB; 5EO3; X-ray; 2.60 A; A/B=265-385.
2 ответа
awk может сделать это:
awk '{if(!($1=="PDB;"&&$3=="EM;")){print}}' <yourfile
Это тестирует, если первый столбец (пробелами по умолчанию взяты в качестве разделителя) текущей строки PDB; и третий столбец EM; и печатает строку, только если не оба верны.
Вывод
$ awk '{if(!($1=="PDB;"&&$3=="EM;")){print}}' <test
PEBP1_HUMAN Homo sapiens P30086 PDB; 1BD9; X-ray; 2.05 A; A/B=1-187.
PDB; 1BEH; X-ray; 1.75 A; A/B=1-187.
PDB; 2L7W; NMR; -; A=1-187.
PDB; 2QYQ; X-ray; 1.95 A; A=1-187.
PECA1_HUMAN Homo sapiens P16284 PDB; 2KY5; NMR; -; A=686-738.
PDB; 5C14; X-ray; 2.80 A; A/B=28-229.
PDB; 5GEM; X-ray; 3.01 A; A/B=28-232.
PELO_HUMAN Homo sapiens Q9BRX2 PDB; 1X52; NMR; -; A=261-371.
PDB; 5EO3; X-ray; 2.60 A; A/B=265-385.
Вы могли сделать что-то вроде этого - использование режима абзаца perl:
$ perl -F'\n' -00le 'print join "\n", grep { !/PDB; ....; EM;/ } @F' file
PEBP1_HUMAN Homo sapiens P30086 PDB; 1BD9; X-ray; 2.05 A; A/B=1-187.
PDB; 1BEH; X-ray; 1.75 A; A/B=1-187.
PDB; 2L7W; NMR; -; A=1-187.
PDB; 2QYQ; X-ray; 1.95 A; A=1-187.
PECA1_HUMAN Homo sapiens P16284 PDB; 2KY5; NMR; -; A=686-738.
PDB; 5C14; X-ray; 2.80 A; A/B=28-229.
PDB; 5GEM; X-ray; 3.01 A; A/B=28-232.
PELO_HUMAN Homo sapiens Q9BRX2 PDB; 1X52; NMR; -; A=261-371.
PDB; 5EO3; X-ray; 2.60 A; A/B=265-385.