Не удалось установить geojson пакет для R
У меня есть Ubuntu 16.04 и R 3.4.3. Когда я работаю
install.packages("geojson", dep=TRUE)
в R я получаю следующую ошибку:
зависимость ‘protolite’ не доступна для пакета ‘geojson’
Поэтому я работаю
install.packages("protolite", dep=TRUE)
до которого я добираюсь:
Configuration failed because protobuf was not found. Try installing:
* deb: libprotobuf-dev (Debian, Ubuntu, etc)
* rpm: protobuf-devel (Fedora, EPEL)
* csw: protobuf_dev (Solaris)
* brew: protobuf (OSX)
If protobuf is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a protobuf.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
Однако выполнение protoc --version в терминале я добираюсь
libprotoc 2.6.1
Таким образом, кажется, что мне установили последнюю версию. Я также пытался копировать protobuf.pc в /usr/lib/pkconfig/ и установка PKG_CONFIG_PATH с
export PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/pkgconfig
без успеха. Я не знаю, как проверить если pkg-config находится в моем PATH, ни как следовать последним ручным инструкциям. В частности, я не знаю, для каких каталогов я должен записать INCLUDE_DIR=... и LIB_DIR=....
Как я должен продолжить двигаться?
2 ответа
Можно установить пакеты R со следующими действиями
#1. add R 3.4.3 repository if not added before
cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
EOF
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
#2. add repository for libjq-dev
sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/jq
#3. update package lists
sudo apt-get update
#4. install R and dependencies
sudo apt-get install r-base-dev r-base-core libjq-dev libcurl4-openssl-dev \
libssl-dev libprotobuf-dev libjq-dev libv8-3.14-dev protobuf-compiler
#5. launch R and install geojson package:
R
> install.packages("geojson", dep=TRUE)
Я просто нашел что мой /usr/bin/pkg-config (версия 0.29.1, связанная Ubuntu 18.04), ультрабагги. Это не изучает каталоги, упомянутые в PKG_CONFIG_PATH (пользовательские каталоги не были замечены в отладке, извергают). Я должен был создать более новую версию (0.29.2) из источника. Это решило мою проблему.
Надежда это помогает кому-то