Обновление RDkit
Я установил RDkit следующий инструкциям со следующего веб-сайта с помощью следующей строки кода,
sudo apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data
Но когда я проверяю версию с помощью следующего кода (в Python), следуя инструкциям от этой веб-страницы
>>> import rdkit
>>> from rdkit import rdBase
>>> rdBase.rdkitVersion
'2013.09.1'
Я не получаю последнюю версию.
Как я могу обновить эту версию, или в человечности в командной строке или в Python?
Системные детали
>>> import sys
>>> print(sys.version)
2.7.6 (default, Nov 23 2017, 15:49:48)
[GCC 4.8.4]
и Ubuntu
lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description: Ubuntu 14.04.5 LTS
Release: 14.04
Codename: trusty
PS, Если это представляет интерес, я хочу выполнить часть названного кода Python, take_elementary_step
2 ответа
Для обновления RDKit необходимо было бы скомпилировать его из источника. Это, кажется, не тривиально, чтобы сделать.
С учетом вышесказанного, я захватил rdkit исходный код из Бионической Ubuntu (в разработке, но это является последним от Debian), и бэкпортировал его в PPA Надежному человеку и Гостеприимный.
Можно сделать следующее для установки обновленной версии python-rdkit (Я все еще работаю над адаптацией этого пакета для работы с последним RDKit, но я не могу гарантировать, что обеспечу продолжающиеся обновления):
sudo apt-get remove python-rdkit
sudo apt-get autoremove
sudo add-apt-repository ppa:teward/python-rdkit
sudo apt-get update
sudo apt-get install python-rdkit
В то время как это также вычистит другие устаревшие пакеты и такой, это должно затем установить более новую версию RDkit (с марта 2016).
(Я все еще работаю, чтобы видеть, существует ли более новый пакет RDKit где-нибудь хотя...),
Если я ищу rdkit с
apt search rdkit
Я получаю "python-rdkit/xenial 201503-3 amd64" как одну из записей. Номер версии говорит 201503-3.
Я просто попытался установить его как Вы путем выполнения
sudo apt install python-rdkit
Когда я импортирую и проверяю версию:
>>> rdkit.rdBase.rdkitVersion
'2015.03.1'
Это - более поздняя версия, чем Ваш по крайней мере, поэтому, возможно, попытайтесь переустановить?
Также заметьте, что это для Python 2.7.12