Вы должны запустить его в фоновом режиме. Это достигается с использованием единственного «& amp;» символ после команды:
(skype &
sleep 3
skype-wrapper &
sleep 5
empathy &)
Команды должны быть отделены новым символом строки (если у кого-то еще нет лучшей идеи).
В меню справки имеется помощник по миграции, который может не синхронизировать все ваши папки. Я думаю, что это было сделано для улучшения производительности в целом.