Если всем пользователям вашей системы не нужен доступ к файлам, вы можете поместить их в свою домашнюю папку или даже лучше в папку bin (создать одну, если она еще не сделана) в вашей домашней папке. Таким образом, у вас есть личный каталог bin, к которому можно получить доступ с терминала, не указав расширение файла или программу, чтобы открыть файл.
Например,
my-app
сделает для запуска my-app.any_possible_extension с соответствующей программой (Java Java или Openjdk в этом случае). Если вы создаете папку bin, вам необходимо выйти из системы и вернуться в систему, чтобы система распознала новую папку bin. Кроме того, файлы в папке личного bin должны быть установлены как исполняемые, иначе терминал будет игнорировать файл.
Обновление 10.04 до 12.04 - странная идея - почему вы не хотите иметь 14.04? Во всяком случае, обновление такого старого выпуска Ubuntu почти наверняка приведет к неприятностям. Просто создайте резервную копию своих файлов и используйте весь диск для установки текущей версии Ubuntu - 14.04.