Мне удалось исправить эту проблему (12.04) с помощью Terminal и Thunar, отредактировав Menu:
Щелкните правой кнопкой мыши Меню, выберите «Свойства», затем «Меню редактирования», выберите «Категория аксессуаров» слева, а затем , справа, откройте диспетчер файлов и пометьте Thunar File Manager. Для терминала отключите терминальный эмулятор и отметьте терминал.
Затем откройте меню и перетащите значок приложения прямо на Docky. С этого момента пусковые установки в Docky должны работать, и значки должны отображаться правильно
Из manpages:
Runlevels are a concept from UNIX(R) System V used by the init(8)
daemon or other system initialisation system to define modes of system
operation.
The Upstart init(8) daemon has no native concepts of runlevel, and
unlike the System V daemon, makes no attempt to keep track of the
current runlevel.
Ubuntu и другие современные дистрибутивы Linux заменили System V init на manpages:
Upstart - это событие, на основе замены для демона / sbin / init, который обрабатывает запуск задач и служб во время загрузки, останавливает их во время выключения и контролирует их во время работы системы.Если вы должны переключиться на то, что ближе всего к runlevel 3, сделайте это, остановив службу gdm или lightdm.
Удерживайте shift при загрузке, выберите режим восстановления, затем выберите root, теперь вы можете легко переключаться между уровнями выполнения.