Судя по предыдущему опыту (до 2016 г.), может возникнуть проблема с обновлением, а не с новой установкой, а затем перемещением предпочтительных документов и приложений в новую установку. Может быть, Cannonical и Ubuntu лучше выполнить обновление с одного LTS на следующий (16: 04-18: 04)?
/ Cheers Johan