Хотя я использую более новую версию Ubuntu (и Matlab), это отлично подойдет для меня: я только что установил Matlab 2012b на Ubuntu 12.10 и выполнил установку пакета поддержки Matlab в Ubuntu Software Center: [ ! d0]
sudo apt-get install matlab-support
(В соответствии с этим ответом в соответствующем вопросе: https://askubuntu.com/a/140078/16835)
Это добавит значок рабочего стола / панель запуска, а также позволяет исправить проблему компоновки компилятора.