Как двойная загрузка Ubuntu без USB или CD/DVD?

У меня есть Windows 10 (предустановленная), и теперь я хочу выполнить двойную загрузку с Ubuntu. У меня нет USB или CD/DVD, так что как я могу его двойную загрузку. Все еще сейчас я пытаюсь использовать Unetbootin и Linuxlive USB Creator, но оба они не работают. Я не могу использовать виртуальную машину, так как у меня есть компьютер низкого уровня. У меня низкая оперативная память и процессор также не слишком хорошо, но да у меня нет никаких проблем с ПЗУ Пожалуйста, помогите мне...

Знаете кого-то, кто может ответить? Поделитесь ссылкой на этот вопрос по электронной почте, через Twitter или Facebook.

-121--888141- Извлеките значение частоты из последнего столбца в зависимости от того, какая буква находится на графике У меня есть файл с разделителями табуляции, который имеет значения частоты в последнем столбце (на самом деле значения также разделяются табуляцией). У меня в основном два значения (например, A:0 G:1), но некоторые строки имеют три значения (например...

У меня есть файл с разделителями табуляции, который имеет значения частоты в последнем столбце (фактически значения также с разделителями табуляции). У меня в основном два значения (например, A:0 G:1), но некоторые строки имеют три значения (например, G:0 C:1 A:0)

CHROM   POS N_ALLELES   N_CHR   {ALLELE:FREQ}

NC_037638.1 355689  2   2   A:0 G:1

NC_037638.1 355694  2   2   G:0.5   A:0.5

NC_037638.1 355703  2   2   C:0.5   G:0.5

NC_037638.1 355706  2   2   T:0.5   C:0.5

NC_037638.1 355715  2   2   A:0.5   G:0.5

NC_037638.1 355794  3   1   G:0 C:1 A:0

NC_037638.1 355723  2   2   A:0 G:1

NC_037638.1 355732  2   2   C:0.5   T:0.5

.

.

.

Я хочу извлечь значения частоты в виде новых столбцов для каждой строки в зависимости от того, какая буква есть из четырех (A, C, G, T). Мой желаемый выход примерно такой:

CHROM   POS N_ALLELES   N_CHR   A_FREQ G_FREQ C_FREQ T_FREQ

NC_037638.1 355689  2   2   0   1   NA   NA

NC_037638.1 355694  2   2   0.5  0.5  NA  NA

NC_037638.1 355703  2   2   NA  0.5  0.5  NA

NC_037638.1 355706  2   2   NA   NA  0.5  0.5

NC_037638.1 355715  2   2   0.5 0.5  NA NA

NC_037638.1 355794  3   1   0   0  1  NA

NC_037638.1 355723  2   2   0   1  NA  NA

NC_037638.1 355732  2   2   NA  NA  0.5 0.5

.

.

.

Если я имею значения частоты в столбцах, то я могу легко построить график в R или что-то еще. "NA" является желательным, но может быть просто отсутствующими значениями или даже 0 ". Меня в основном беспокоит, как удалить двоеточие и поместить значения в столбцы.

Альтернативное решение может быть, если кто-то может предложить мне, как построить график частоты каждого основания (A, T, G, C) в каждом POS в R или Excel, не беспокоясь о преобразовании его в столбцы.

Я пробовал разные решения и боролся с заговорами, но все напрасно. Любая помощь/предложение будет оценена, чтобы выполнить это в bash/R/Python. Большое спасибо заранее!

0
задан 18 March 2021 в 22:50

1 ответ

Given

$ cat file
CHROM   POS     N_ALLELES       N_CHR   {ALLELE:FREQ}
NC_037638.1     355689  2       2       A:0     G:1
NC_037638.1     355694  2       2       G:0.5   A:0.5
NC_037638.1     355703  2       2       C:0.5   G:0.5
NC_037638.1     355706  2       2       T:0.5   C:0.5
NC_037638.1     355715  2       2       A:0.5   G:0.5
NC_037638.1     355794  3       1       G:0     C:1     A:0
NC_037638.1     355723  2       2       A:0     G:1
NC_037638.1     355732  2       2       C:0.5   T:0.5

then

$ awk '
  BEGIN{
    split("A:G:C:T",allele,/:/); OFS="\t"
  }
  NR==1 {
    print $1,$2,$3,$4,"A_FREQ","G_FREQ","C_FREQ","T_FREQ"; next
  } 
  {
    for(i=5;i<=NF;i++){
      split($i,a,/:/); freq[a[1]]=a[2]
    }
  } 
  {
    for(i=1;i<=4;i++){
      $(i+4) = allele[i] in freq ? freq[allele[i]] : "NA"
    }
    delete freq
  } 
  1
' file
CHROM   POS     N_ALLELES       N_CHR   A_FREQ  G_FREQ  C_FREQ  T_FREQ
NC_037638.1     355689  2       2       0       1       NA      NA
NC_037638.1     355694  2       2       0.5     0.5     NA      NA
NC_037638.1     355703  2       2       NA      0.5     0.5     NA
NC_037638.1     355706  2       2       NA      NA      0.5     0.5
NC_037638.1     355715  2       2       0.5     0.5     NA      NA
NC_037638.1     355794  3       1       0       0       1       NA
NC_037638.1     355723  2       2       0       1       NA      NA
NC_037638.1     355732  2       2       NA      NA      0.5     0.5
0
ответ дан 18 March 2021 в 23:28

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: