awk - сравнить два файла и распечатать все столбцы из обоих файлов
Я хочу сравнить два файла
Файл 1:
evm.TU.PTPU-T1. PF00808
evm.TU.PTP-T1 PF00498
evm.TU.PTPX-T1 PF00250
evm.TU.PAN-T1 PF00817
Файл 2:
PF00808 CL0012 Histone CBFD_NFYB_HMF Histone-like transcription factor
PF00498 CL0357 SMAD-FHA FHA FHA domain
PF00817 CL0123 HTH Forkhead Forkhead domain
Вывод:
evm.TU.PTPU-T1 PF00808 CL0012 Histone CBFD_NFYB_HMF Histone-like
evm.TU.PTP-T1 PF00498 CL0357 SMAD-FHA FHA FHA domain
evm.TU.PAN-T1 PF00817 CL0123 HTH Forkhead Forkhead domain
Я пробовал команду ниже
awk 'FNR==NR{a[$1]=$2;next} ($1 in a){print $0,a[$1]}' file2 file1 >file3
, но она печатает только Второй столбец файла 2, не всю строку.
PF00808 evm.TU.PTPU-T1 CL0012
Пожалуйста, дайте мне знать, как добавить всю подходящую строку файла 2 на вывод, а не только второй столбец
1
задан muru
18 March 2021 в 19:53
поделиться
1 ответ
У вас есть несколько вариантов здесь:
СОХРАНИТЬ целые строки
$ 0изFile2в массив шпонкой на его$ 1; затем посмотреть$ 1изFile1на основе ключа в его$ 2:$ AWK «NR == FNR {а [$ 1] = $ 0; Далее} ($ 2 в а) {Печать 1 $, A [$ 2]} 'file2 file1 evm.tu.ptpu-t1. PF00808 CL0012 Histone CBFD_NFYB_HMF Гистонско-транскрипционный фактор evm.tu.ptp-t1 pf00498 cl0357 smad-fha fha fha fha evm.tu.pan-t1 pf00817 cl0123 hth forkhead forkhead доменСохраните значения
$ 1значенийfile1, которые включены в$ 2, затем посмотрите на соответствующие целые линииfile2на основе ключа В его$ 1$ awk 'nr == fnr {A [$ 2] = $ 1} ($ 1 at a) {Печать [$ 1], $ 0}' file1 file2 evm.tu.ptpu-t1. PF00808 CL0012 Histone CBFD_NFYB_HMF Гистонско-транскрипционный фактор evm.tu.ptp-t1 pf00498 cl0357 smad-fha fha fha fha evm.tu.pan-t1 pf00817 cl0123 hth forkhead forkhead домен
1
ответ дан
18 March 2021 в 23:25
поделиться