В чем разница между параметрами -d и -m для useradd?

Эти две опции не очень похожи, но они могут работать вместе. Если вы посмотрите на manpage useradd вы найдете следующее:

       -d, --home-dir HOME_DIR
           The new user will be created using HOME_DIR as the value for the user's login
           directory. The default is to append the LOGIN name to BASE_DIR and use that as the
           login directory name. The directory HOME_DIR does not have to exist but will not be
           created if it is missing.

       -m, --create-home
           Create the user's home directory if it does not exist. The files and directories
           contained in the skeleton directory (which can be defined with the -k option) will be
           copied to the home directory.

           By default, if this option is not specified and CREATE_HOME is not enabled, no home
           directories are created.

Опция -d просто устанавливает, где будет домашний каталог создаваемого пользователя, но она не создаст его, если он не существует. Тогда как опция -m создаст домашний каталог, заданный опцией -d, если он не существует.