Как отсортировать строки файла в виде матрицы?
Я хотел бы знать, как я могу отсортировать строки файла следующим образом:
Мой файл - file.txt (с разделителями табуляцией):
g1 00A98_01563 00554_01552 CCUG38_01373
g2 00554_01444
g3 00A98_04566 CCUG38_05322
Я хочу получить это (с разделителями табуляцией):
g 00A98 00554 CCUG38
g1 1 1 1
g2 0 1 0
g3 1 0 1
И / или также в этом формате (с разделителями табуляции):
g 00A98 00554 CCUG38
g1 00A98_01563 00554_01552 CCUG38_01373
g2 00554_01444
g3 00A98_04566 CCUG38_05322
Как я могу сделать это с помощью командная строка с помощью sort, awk, grep или другого?
Всего наилучшего, С уважением
2 ответа
Это toMatrix.awk
#!/usr/bin/env gawk -f
BEGIN { FS = OFS = "\t" }
{
for (i=2; i<=NF; i++) {
x=$i
sub(/_.*/, "", x)
if (!(x in values)) {
values[x] = 1
ordered[++value] = x
}
g[NR] = $1
data[NR][x]=1
}
}
END {
printf "%s", "g"
for (i = 1; i <= value; i++)
printf "%s%s", OFS, ordered[i]
print ""
for (nr = 1; nr <= NR; nr++) {
printf "%s", g[nr]
for (i = 1; i <= value; i++)
printf "%s%s", OFS, 0 + data[nr][ordered[i]]
print ""
}
}
$ gawk -f toMatrix.awk file.txt
g 00A98 00554 CCUG38
g1 1 1 1
g2 0 1 0
g3 1 0 1
Используя Miller , обработайте ввод как пары ключ-значение с разделителями, используя TAB в качестве разделителя входных полей и подчеркивание в качестве разделителя входных пар, и установите для вывода значение TSV. Затем вы можете разобрать свои данные
$ mlr --idkvp --ifs tab --ips '_' --otsv unsparsify file.txt
1 00A98 00554 CCUG38
g1 01563 01552 01373
g2 01444
g3 04566 05322
Затем вы можете добавить различные преобразования, например.
$ mlr --idkvp --ifs tab --ips '_' --otsv unsparsify --fill-with 0 then put '
for(k,v in mapexcept($*,"1")){if(v != 0){$[k] = 1}}
' then rename "1","g" file.txt
g 00A98 00554 CCUG38
g1 1 1 1
g2 0 1 0
g3 1 0 1
или
$ mlr --idkvp --ifs tab --ips '_' --otsv unsparsify then put -S '
for(k,v in mapexcept($*,"1")){if(v != ""){$[k] = k ."_". v}}
' then rename "1","g" file.txt
g 00A98 00554 CCUG38
g1 00A98_01563 00554_01552 CCUG38_01373
g2 00554_01444
g3 00A98_04566 CCUG38_05322
В последнем случае выравнивание выглядит «выключенным», но вывод с - ocsv вместо - tsv должен подтвердить, что это правильно.