Как отсортировать файлы по каталогам и подкаталогам по имени?

Я не совсем уверен, как это сделать только в терминале, чтобы его не было слишком трудно читать, но я думаю, что вы могли бы получить результат, который ищете, или по крайней мере, начните с чего-то вроде этих строк:

Изменить: обновлено информацией из комментария. Также поменяны местами вторичный и первичный, так как они были наоборот.

Edit2: понял, что, хотя вторичное имя больше не зависит от размещения, основное имя зависит от размещения вторичного.

#!/bin/bash

input_directory="/path/to/your/data"
output_directory="/path/to/your/output"

cd "$input_directory"
for file in *; do

    if [ ! -f "$file" ]; then
        continue;
    fi

    # place your secondary names inside "(mpc|flf|dtd)" seperated by '|'
    secondary=$(echo "$file" | grep -o -E "(mpc|flf|dtd)");
    princple=$(echo "$file" | grep -o -E "([0-9]+_S_[0-9]+)");
    
    # skip over and alert that a secondary match was not found for a file
    if [ "$secondary" == "" ]; then
        echo "No secondary match found!! Skipping $file";
        continue;
    fi

    destination="${output_directory}/$secondary/$princple"

    # create the directories if they don't exist
    if [ ! -d "$destination" ]; then
        mkdir -p "$destination";
    fi

    # uncomment to move the files to the new directories if the test output
    # from echo is correct
    #mv "$file" "$destination"

    # test to print result of moving the files
    from=$(readlink -f "$file")
    echo "$from -> $destination/$file"
done

grep -o -E "(mpc | flf | dtd)" ищет в имени файла одно из вторичных ключевых слов имени, например (mpc, dtd или flf) и сохраняет это слово во вторичной переменной.

grep -o -E "([0-9] + _ S_ [0-9] +) Та же идея, поиск шаблона xxx_S_xxx.

Его можно запустить как: bash script.sh

Переменные input_directory и output_directory должны быть заполнены правильными путями. Кроме того, поля "(mpc | flf | dtd)" в grep можно заполнить выписку с другими вторичными лицами.