Я работаю над настольным приложением, и недавно, когда я удалил его, чтобы установить новую версию, локальная папка приложения была удалена.
Мне интересно узнать, что происходит при удалении приложения в Ubuntu.
В конечном итоге зависит от приложения.
Установка включает 1) (как минимум) копирование файлов в соответствующие системные каталоги и 2) (в конечном итоге) запуск сценариев установки и настройки. В принципе, эти скрипты действительно могут делать то, что хотят.
Обычно файлы конфигурации в вашей домашней папке, то есть конфигурация пользователя, не затрагиваются процессом установки. Во время запуска программы они создаются, если они не существуют, в конечном итоге обновляются до более новой версии, если программа предназначена для этого, или обновляются иным образом. Что именно происходит, определяется разработчиком приложения.