В manpage для apt.conf вообще не упоминается SOCKS. Тем не менее, есть несколько вопросов о SOCKS и apt здесь, и время от времени я вижу ответ, который имеет что-то вроде:
Acquire::http::proxy ..
Acquire::https::proxy ..
Acquire::ftp::proxy ..
Acquire::socks::proxy ..
(все четыре) в них. Acquire::socks не вызывает ошибку, но, похоже, не имеет никакого эффекта.
Что такое состояние поддержки прокси SOCKS в apt?
Я только что протестировал Acquire :: http :: proxy, который отлично работает (или нет, если прокси-сервер отключен), но: socks: просто идет прямо в сеть, пропуская любой (отсутствующий или нет) прокси.
Таким образом, невозможно использовать apt поверх носков, по крайней мере, на Ubuntu 16.04.2.