Вы можете обновить Dropbox, так как в последних сборках он имеет индикатор на Ubuntu. Для других приложений, если разработчики не добавляют поддержку индикаторов для них, вы можете просто их перечислить, как говорит Алаукик, а также уведомить разработчика о необходимости исправления приложения.