Почему команда ls показывает удаленные файлы?

ls не кэширует имена файлов. Это действительно показывает вам, что именно находится в файловой системе. Однако, как намекнул @Ravan, в вашем каталоге могут быть одинаково названные файлы. Это, как правило, тайники времени выполнения или файлы блокировок, созданные такими программами, как Vim и Emacs, но могут быть практически любыми. Например, если я делаю следующее в одном терминале:

$ touch foo
$ vim foo

Затем я увижу следующее в другом терминале:

$ ls -A
foo  .foo.swp

.foo.swp является скрытым временным файл, который будет удален, если Vim выйдет красиво.

. Такие файлы можно безопасно удалить, если они оставлены после более ранних сеансов редактирования, которые больше не открыты. Просто убедитесь, что вы @Ravan имена файлов, так как они могут содержать специальные символы, такие как тильда (~):

$ rm '.foo~'

Имя, за которым следует «~», на самом деле является файлом кеша. Когда вы удаляете файл, он все равно может оставаться скрытым файлом для nautilus, но команда «ls» покажет им.

Запустите rm *~, чтобы удалить эти файлы.