Файл /etc/apt/apt.conf по-прежнему читается, если он существует. Конфигурация apt, предоставляемая пакетами, устанавливается в виде отдельных файлов в /etc/apt/apt.conf.d/, поэтому ее можно добавлять и обновлять независимо от любых локальных изменений, которые вы делаете в основном файле конфигурации.
Итак, если у вас есть локальные изменения конфигурации , просто создайте файл.