Unity-2D предназначен для использования с компьютерами, которые не поддерживают графику с 3D-ускорением, например, некоторые недорогие нетбуки. Unity-2D выглядит почти точно так же, как и его трехмерная копия, хотя и без немного глазной конфеты.
Что касается обновлений, то оба они должны обновляться примерно в одно и то же время, хотя я ожидаю, что Unity- 3D будет иметь немного больше усилий, вложенных в него только из-за того, что это «основная» версия Unity.