«cat -v file» покажет непечатаемые символы в файле. Просто перенаправьте вывод на какой-то временный файл и используйте vim для замены символов M-BM - ничего.
% s / M-BM- // g
Самое простое решение. [ ! d2]
Я не вижу проблемы: у вас нет установленной оболочки gnome, поэтому любая команда, запрашивающая версию gnome-shell или любую команду, связанную с gnome-shell, будет выходить из строя. И у вас установлен Unity, и это будет так, когда вы установили по умолчанию Ubuntu
unity --version
покажет вам версию этого.