Просто для удовольствия. Вот реализация python, которая понятна для новичков. Он решает вашу проблему, но не является такой целью для печати 2-й строки и всех ее четырехмерных изображений, но использует характеристики этой линии.
# you can of course also read this from a file
test_string = """
...: @ATDGGSGDTSG
...:
...: NTCCCCC
...:
...: +
...:
...: nddhdhnadn
...:
...: @ATDGGSGDTSG
...:
...: NTCCCCC
...:
...: +
...:
...: nddhdhnadn
...: """
# put it into a list
test_li = test_string.split()
# output your list
print test_li
['@ATDGGSGDTSG',
'NTCCCCC',
'+',
'nddhdhnadn',
'@ATDGGSGDTSG',
'NTCCCCC',
'+',
'nddhdhnadn']
# select the lines you are interested in
for line in test_li:
if line.startswith('@'):
continue
if line == '+':
continue
if line.islower():
continue
print line