Я хочу удалить Ubuntu, но у меня нет Win 7 CD для исправления MBR, работайте?

При рисовании мышкой у вас не чётко чёрные пиксели и поэтому они не ру. У вас вторая функция вообще не по какому-либо rgb-цвету перебирает как в первой функции, а по прозрачности, т. к. i = 3 - это прозрачность первого пикселя. Естественно это работает, т. к. все остальные пиксели прозрачны.

Вот так должно работать и мышкой и с картинкой:

function convertData(imgdata)
{
    convert = [];
    for(var i = 0; i < imgdata.length; i+=4)
    {
        if(imgdata[i] < 128)
            convert.push(1);
        else
            convert.push(0);
    }
    return convert;
}