Как я могу подсчитать строки с именованными файлами и записать результат в файл csv?

Предполагая, что вы хотите выводить как 42, 19, 10207, 3 в каждой строке (без имен файлов), wc и некоторые Bash ing решают вашу проблему.

outfile="Result.csv" 
for samplenum in $( seq 1 100 ) ; do
    line=""
    for file in sample${samplenum}.* ; do
        numlines=$( wc -l <$file )
        line="$line $numlines,"
    done
    # remove the final comma
    line=${line%,}
    # not quoting $line below will suppress the initial blank 
    echo $line >> $outfile 
done

Прочитайте man bash, man wc, man seq и man bash снова

Отвечая на комментарий:

Вы читали man страницы?

$( seq 1 100) заменяется результатами команды seq 1 100, которая просто выводит целые числа от 1 до 100 (что скажет вам man seq). Замените его чем-то, что поставляет количество образцов, которые у вас есть.

Поместите код в файл (например, test.sh) и запустите его с bash -x test.sh, чтобы просмотреть подробности. Замените seq 1 100 на seq 1 2 для теста, чтобы избежать лавины выхода.

samplenum содержит номер образца, который для этого примера работает от 1 до 100.

sample, в sample${samplenum}.* является просто строкой. Он конкатенируется со значением samplenum и строкой .* для создания шаблона имени файла, например. sample1.* первый раз через петлю for samplenum ..., sample2.* второй раз и т. д.

Вы читали и понимали man bash, man wc, man seq и man bash снова?

Опция python

Интересный вопрос. Хороший случай применения python groupby()

Поскольку ваши файлы находятся в одном, «плоском» каталоге:

#!/usr/bin/env python3
from itertools import groupby
import os
import sys

dr = sys.argv[1]
# list the files in the directory, split into "sortable" elements
flist = [[item, item.split(".", 1)] for item in os.listdir(dr)]
# sort the file list by first section (until the first found dot)
flist.sort(key=lambda x: x[1][0])
# create sub groups of the files, grouped by first section of name
for key, line in groupby(flist, lambda x: x[1][0]):
    line = list(line)
    # sort the files by second section of name for correct order in the csv lines
    line.sort(key=lambda x: x[1][1])
    # count the lines of the files, arrange the csv file
    print((", ").join([str(len(open(dr+"/"+f[0]).readlines())) for f in line]))

Как это работает

Если каталог содержит девять файлов:

sample1.ext                  2 lines
sample1.ext2                 3 lines
sample1.ext3                 3 lines

sample2.ext                  1 lines
sample2.ext2                 1 lines
sample2.ext3                 4 lines

sample3.ext                  6 lines
sample3.ext2                 1 lines
sample3.ext3                 4 lines

sample2

ext2

Результат:

python3 '/home/jacob/Bureaublad/create_csv.py' '/home/jacob/Bureaublad/samples' 
2, 3, 3
1, 1, 4
6, 1, 4

Как использовать

sample2

ext2

python3 /path/to/create_csv.py /path/to/directory_with_files

item.split(".", 1)

str(len(open(dr+"/"+f[0]).readlines()))

str(subprocess.check_output(["samtools", "view", "-c", dr+"/"+f[0]]).decode("utf-8").strip())

#!/usr/bin/env python3
from itertools import groupby
import os
import sys
import subprocess

dr = sys.argv[1]
# list the files in the directory, split into "sortable" elements
flist = [[item, item.split(".", 1)] for item in os.listdir(dr)]
# sort the file list by first section (until the first found dot)
flist.sort(key=lambda x: x[1][0])
# create sub groups of the files, grouped by first section of name
for key, line in groupby(flist, lambda x: x[1][0]):
    line = list(line)
    # sort the files by second section of name for correct order in the csv lines
    line.sort(key=lambda x: x[1][1])
    # count the lines of the files, arrange the csv file
    print((", ").join([
        str(subprocess.check_output(["samtools", "view", "-c", dr+"/"+f[0]]).decode("utf-8").strip())
        for f in line]))

mapped.bam, rmdup.bam, sort.bam