http://ppa.launchpad.net/jerome-etienne/neoip/ubuntu/dists/natty/main/binary-i386/Packages пуст, поэтому в этом PPA нет никаких двоичных пакетов для 11.04 [!d0 ]
Я предлагаю вам сообщить об ошибке, потому что это распространенная проблема с приложениями, использующими обертку для запуска.
JDownloader - это Java-приложение и использует сценарий оболочки, поэтому будет трудно исправить этот вопрос, если только Unity не изменен, поэтому он может отслеживать это лучше.
откройте терминал и напишите это:
sudo nano /usr/share/applications/jdownloader.desktop
добавьте эту строку в конец файла:
StartupWMClass=jd-Main
сохраните ее и запустите JDownloader