«какие python» и «echo PYTHONPATH» дают разные каталоги, что это значит?

Из man python:

   PYTHONPATH
          Augments  the  default search path for module files.  The format
          is the same as the shell's $PATH: one or  more  directory  path‐
          names   separated   by  colons.   Non-existent  directories  are
          silently ignored.   The  default  search  path  is  installation
          dependent,  but  generally begins with ${prefix}/lib/python<ver‐
          sion> (see PYTHONHOME above).  The default search path is always
          appended  to  $PYTHONPATH.   If  a script argument is given, the
          directory containing the script is inserted in the path in front
          of  $PYTHONPATH.  The search path can be manipulated from within
          a Python program as the variable sys.path.

Переменная $PYTHONPATH просто указывает дополнительные местоположения, из которых вы можете импортировать модули. Он не имеет никакого отношения к расположению исполняемого файла интерпретатора Python, который вы получаете как вывод из which python.

Из man python:

Переменная $PYTHONPATH просто указывает дополнительные местоположения, из которых вы можете импортировать модули. Он не имеет никакого отношения к расположению исполняемого файла интерпретатора Python, который вы получаете как вывод из which python.

Из man python:

Переменная $PYTHONPATH просто указывает дополнительные местоположения, из которых вы можете импортировать модули. Он не имеет никакого отношения к расположению исполняемого файла интерпретатора Python, который вы получаете как вывод из which python.