Удалить LAMP с помощью PHP7 в Ubuntu 16.04LTS

Проблема в расширении тильды происходит до расширения переменной (подробнее см. man bash). Расширение переменной происходит только один раз, поэтому $dir1 расширяется, но строка $HOME внутри него отсутствует.

Может быть проще указать путь к каталогу в качестве аргумента командной строки вместо использования read, чтобы прочитать его с консоли: оболочка расширит его для вас:

#!/bin/bash
dir1=$1
cd "$dir1"
pwd

и вызовет его как

./script ~/Desktop

Другой альтернативой является использование диалогового окна файла вместо вводя путь вообще:

dialog --dselect / 20 20