Java Runtime Environment - это набор программного обеспечения, который позволяет системе запускать приложения Java. Тот, что используется в Ubuntu (предоставляется Ubuntu-limited-extras), это Sun-jre (предоставляется Oracle), однако можно использовать GIJ (версия GNU). В 64-битных системах вместо версии Sun используется JRE Open JDK.