Как запустить сценарий оболочки непосредственно перед началом сеанса рабочего стола?

Выбор файлового менеджера обрабатывается файлом в ~/.local/share/applications. Они mimeapps.list и mimeinfo.cache, удаление обоих этих файлов приведет к сбросу вашего файлового менеджера по умолчанию, что является Nautilus.