Использование следующей строки конфигурации работает для меня:
Acquire::socks::proxy "socks5://server:port";
Чтобы сохранить apt.conf чистым и избежать проблем при обновлении Linux, я создал новый файл (/etc/apt/apt.conf.d/12proxy) и добавил файл конфигурации в это.